L’odierno Oratorio nacque come ampliamento di una più antica chiesa dedicata a San Michele e ai Santi Arcangeli, gravemente danneggiata da un incendio nel 1390, durante gli scontri per il dominio sulla città tra Francesco Novello da Carrara, ultimo signore di Padova, e le truppe viscontee.
Nel 1397 un tal Pietro di Bartolomeo de´ Bovi, legato da parentela con un funzionario della zecca carrarese, fece erigere una nuova cappella dedicata alla Beata Vergine Maria, affidandone la decorazione pittorica a Jacopo da Verona, giunto a Padova probabilmente come collaboratore di Altichiero presso l’Oratorio di San Giorgio.
Il ciclo decorativo, che costituisce l’ultima grande impresa artistica documentata in città prima della caduta della Signoria Carrarese, è oggi assai frammentario, degradato nei secoli dall’umidità e da un progressivo stato di abbandono.