La chiesa di San Gottardo fu eretta per volontà di Azzone Visconti, signore di Milano nel 1329-1339, come chiesa di corte del palazzo signorile. L'edificio fu completamente trasformato nel suo aspetto esterno da Giuseppe Piermarini in età neoclassica (1770 circa). Del suo assetto originario si conserva solamente l'elegante e slanciata torre campanaria e una porzione della chiesa corrispondente circa a una campata.
Con pareti decorate a lapislazzulo e foglia d'oro, sull'altare un trittico scolpito e un prezioso paliotto con gemme incastonate, pavimento e amboni rivestiti in avorio, ovunque paramenti in oro e seta. All'interno è tuttora presente il sepolcro di Azzone Visconti scolpito dal pisano Giovanni di Balduccio e dalla sua bottega e pagato dall’arcivescovo e signore di Milano Giovanni Visconti tra il 1342 e il 1344.
Oggi la chiesa è uno spazio espositivo gestito dal Museo del Duomo.